（二）层层代编的问题
《预算法》第14条、15条规定，国务院负责向全国人大作关于中央和地方预算草案的报告，地方政府负责向本级人大作关于本级总预算草案的报告，下一级政府报送的预算汇总后只需报本级人大常委会备案。
执行中缘于以下几个问题而出现与《预算法》要求相违的情况：
（1）人大组织法对各级人代会举行的时间没有作自下而上的规定，为了不影响全国人代会审议中央和地方预算草案，财政部门往往被迫采取层层代编的方法，并逐级向上汇总以应急需。
这样，一方面会使代编草案与地方财政部门编制的预算草案之间产生差距，从而形成两本账；另一方面使汇总后的中央和地方预算草案缺乏真实性，掩盖了预算中的问题。
（2）地方人代会一时难以改变习惯做法，不仅要审查本级的预算草案，而且仍以计划经济下的思维方式去关心并要求了解全地区总的预算，在下一级人代会没有全部举行的情况下，下级财政部门只好代编报送，这样的预算与《预算法》要求相去甚远。
（三）预算编制时间过短的问题
预算编制时间过短，造成预算编制科学性、细致性不足。
所谓预算即预测估算，既要符合国家的方针政策和经济发展的客观规律，又要结合各项收支的内在经济联系进行周密的测算，是一项技术性、专业性很强的工作。
而我国长期以来预算编制只是在既定的收支之间安排资金，缺乏科学的分析预测工作，没有很好地将预算编制与经济预测结合起来。在过短的时间内完成，难以保证其科学性和细致性。