（二）组织收入和执行支出产生的问题
《预算法》规定，国家实行中央与地方分税制，上级政府不得在预算外调动下级政府预算资金，下级政府不得挤占或截留属于上级政府的预算资金。但在实施中存在着：
某些地方政府将应纳入预算内的收入放在预算外，私设小金库，拖欠、截留、隐瞒上级财政收入，擅自越权减免税收，违规超越权限，突破计划乱退库；
属于地方固定收入的税收，税率设置权在中央，政策制定和减免权也在中央，结果是中央对地方的收入有调控权，地方预算收入组织受到影响；
一部分中央支出向地方转嫁，如军分区退休干部公费医疗、武警防暴队支出、支援三峡及贫困地区支出等。
（三）预算执行中存在法律空档
我国预算年度与日历年度同步，自公历1月1日到12月31日止，而立法审批机关——全国人民代表大会召开会议的时间一般在每年3月上旬，地方人代会开会时间更晚些，待预算获得正式批准后，预算年度已过去三四个月的时间了，这就使得我国政府预算收支中每年有1/4的时间是在立法机构的监督之外，差不多形成了1/4预算年度的法律空档。
虽然旧《预算法》第44条对此作出规定，在此期间，各级政府可先按上年同一时间的预算数额支出，待预算获得批准后，再按批准的预算执行，但由于该规定在本法和实施条例中均没有具体指导，因此实际中的约束力不大，出现了预算约束的“真空时期”。这一问题也大大降低了我国政府预算的法定性程度，助长了各级地方政府随意支出的欲望，对待各项支出，形成了“能支出就先支出，以后再说”的支出冲动。
《国务院关于深化预算管理制度改革的决定》中对预算执行管理方面作出了明确的要求，具体包括：
1.做好预算执行工作
硬化预算约束，年度预算执行中除救灾等应急支出通过动支预备费解决外，一般不出台增加当年支出的政策，一些必须出台的政策，通过以后年度预算安排资金。
及时批复部门预算，严格按照预算、用款计划、项目进度、有关合同和规定程序及时办理资金支付，涉及政府采购的应严格执行政府采购有关规定。
进一步提高提前下达转移支付预计数的比例，按因素法分配且金额相对固定的转移支付提前下达的比例要达到90%。
加快转移支付预算正式下达进度，除据实结算等特殊项目外，中央对地方一般性转移支付在全国人大批准预算后30日内正式下达，专项转移支付在90日内正式下达。
省级政府接到中央一般性转移支付或专项转移支付后，应在30日内正式下达到县级以上地方各级政府。
规范预算变更，各部门、各单位的预算支出应当按照预算科目执行。
不同预算科目、预算级次或者项目间的预算资金需要调剂使用的，按照财政部的规定办理。
2.规范国库资金管理
规范国库资金管理，提高国库资金收支运行效率。全面清理整顿财政专户，各地一律不得新设专项支出财政专户，除财政部审核并报国务院批准予以保留的专户外，其余专户在2年内逐步取消。
规范权责发生制核算，严格权责发生制核算范围，控制核算规模。地方各级财政除国库集中支付年终结余外，一律不得按权责发生制列支。
按国务院规定实行权责发生制核算的特定事项，应当向本级人大常委会报告。
全面清理已经发生的财政借垫款，应当由预算安排支出的按规定列支，符合制度规定的临时性借垫款及时收回，不符合制度规定的借垫款限期收回。
加强财政对外借款管理，各级财政严禁违规对非预算单位及未纳入年度预算的项目借款和垫付财政资金。
各级政府应当加强对本级国库的管理和监督，按照国务院的规定完善国库现金管理，合理调节国库资金余额。